毋容置疑，以忽必烈為代表的拖雷家族后裔似乎拋棄了純成吉思汗家族的傳統(tǒng)，海都無視拖雷家族，決定親自恢復(fù)窩闊臺家族的命運(yùn)，自1251年以來，窩闊臺家族就已經(jīng)失去了權(quán)力。換言之，海都的目標(biāo)是要宣布他本人是合法繼承人，或者，無論如何，要犧牲忽必烈在蒙古的利益和察合臺家族在突厥斯坦的利益，使自己在中亞創(chuàng)建一個(gè)大汗國。
孛兒只斤.海都首先反對的是察合臺汗國。1267年至1269年間，他打敗八刺，占領(lǐng)伊犁河流域和喀什噶爾，留給八刺的只是河中地區(qū)。八刺的繼承者們不過是海都任意廢立的屬臣。當(dāng)時(shí)，海都作為察合臺汗國的君主采用“汗號”，并進(jìn)攻忽必烈。
忽必烈命他的4子那木罕（Nomokhan或Nomoqan）與察合臺汗國直接交戰(zhàn)，于1275年派他率軍前往阿力麻里（今固爾扎附近，在伊犁河畔）。那木罕由一些宗王組成的一個(gè)杰出的參謀組陪同出征，他們中有脫脫木兒和那木罕的堂兄弟、蒙哥之子昔里吉。但是，1276年，脫脫木兒因不滿忽必烈，勸昔里吉與他合伙進(jìn)行反叛。他們兩人背信棄義地拘捕了那木罕，并宣布擁護(hù)海都，把那木罕交給海部的盟友、欽察汗忙哥帖木兒。他們還勸說察合臺次于撒里蠻和另一些成吉思汗宗王們參加反叛。海都于1277年從阿力麻里向哈拉和林進(jìn)軍，形勢對忽必烈來說十分嚴(yán)峻，他把他最杰出的將領(lǐng)伯顏從中國召回。伯顏在鄂爾渾河畔打敗了昔里吉，把他趕回到也兒的石河畔；而脫脫木兒逃到達(dá)唐努烏村的黠戛斯人境內(nèi)，后來又在帝國先頭部隊(duì)的攻擊下被趕出此地。受到這次挫敗之后，昔里吉、脫脫木兒和撒里蠻之間發(fā)生爭吵，昔里吉處死了脫脫木兒，昔里吉與撒里蠻之間也互相采取敵對行動。在采取了一些無目的的行動之后，撒里蠻捉住了昔里吉，向忽必烈投降，并把他的俘虜交給了忽必烈。忽必烈原諒了撒里蠻，但把昔里吉流放到一個(gè)島上。此后不久，1278年，那木罕王子被釋放。這個(gè)反忽必烈同盟由于成員們素質(zhì)差而失敗。
但是，海都與忽必烈仍處于交戰(zhàn)狀態(tài)，他起碼具有領(lǐng)導(dǎo)者的氣魄。海都作為葉密克、伊犁河流域、喀什噶爾的主人和察合臺諸王的宗主（他已使察合臺的領(lǐng)地縮小到河中地區(qū)），正如忽必烈是東亞的可汗一樣，他是中亞的真正可汗。1287年，海都組成了新的反忽必烈同盟，參加同盟的有蒙古帝國系各支的首領(lǐng)：成吉思汗弟弟們的后代。宗王中有乃顏、勢都兒和哈丹。乃顏，或者是成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤的后裔，或者是成吉思汗異母弟、別里古臺的后裔，其領(lǐng)地在今滿洲地區(qū)；他是一位聶思托里安教徒，馬可·波羅堅(jiān)持認(rèn)為在他的旗幟（或稱纛）上畫有十字。勢都兒是成吉思汗大弟哈撒兒的孫子。哈丹是成吉思汗二弟哈赤溫的后裔。他們在東蒙古和滿洲地區(qū)都占有封地。如果海都從中亞和西蒙古帶來的部隊(duì)與乃顏、勢都兒和哈丹在滿洲集合的部隊(duì)會合的話，那么，對忽必烈來說，只有死路一條。
忽必烈迅速行動起來。他命伯顏代替他駐守哈拉和林，阻止海都。他本人親自率領(lǐng)另一支蒙軍前往滿洲，隨之而行的有成吉思汗最信任的伙伴博兒術(shù)的孫子，玉昔帖木兒將軍。帝國艦隊(duì)從長江下游的中國港口出發(fā)，帶著這次戰(zhàn)爭所需的大批物資在遼河口登陸，這一仗將決定蒙古帝國的命運(yùn)。乃顏的軍隊(duì)在遼河附近扎營，以蒙古的方式，用一排馬車保護(hù)著。忽必烈當(dāng)時(shí)是72歲，坐在由四只象駝著，或拉著前進(jìn)的一座木塔上指揮作戰(zhàn)。拉施特記道，這次行動十分艱巨，在一段時(shí)期內(nèi)，勝負(fù)難分。結(jié)果，無疑是忽必烈獲勝了，正如中國史所記，是由于忽必烈軍隊(duì)在人數(shù)上占優(yōu)勢，也是由于他把中國軍隊(duì)與蒙古軍隊(duì)有效地聯(lián)合起來。乃顏被俘，作為成吉思汗的侄孫子，忽必烈賜他不流血的死，即將他在氈毯下悶死（1288年）。那些站在乃顏一邊的聶思托里安教教徒們有理由擔(dān)心會遭到報(bào)復(fù)，但是，忽必烈認(rèn)為基督教對這次反叛不負(fù)有責(zé)任。忽必烈之孫、未來的皇帝鐵穆耳完澤篤（Temtir Oljaitu）由于粉碎了哈丹和鎮(zhèn)壓了滿洲及其毗鄰的蒙古地區(qū)而完全制止了進(jìn)一步的叛亂。
海都消滅叛徒忽必烈的戰(zhàn)爭失敗了，但是，他仍是杭愛山以西的西蒙古和突厥斯坦的君主。忽必烈的一個(gè)孫子甘麻刺（Ka－mala）王子在守衛(wèi)杭愛山邊境地防止海都進(jìn)攻的任務(wù)，結(jié)果他被海都軍打敗，并被圍困在色楞格河附近，在費(fèi)盡了努力后才逃脫。忽必烈不顧自己年事已高，感到有必要親自前去扭轉(zhuǎn)形勢（1289年7月）。但是，海都按游牧方式已經(jīng)遠(yuǎn)遁。1293年，留在蒙古統(tǒng)率帝國軍隊(duì)的伯顏，以哈拉和林為基地，成功地發(fā)動了一次對叛軍的遠(yuǎn)征。同年，忽必烈之孫、鐵穆耳王子取代伯顏統(tǒng)率軍隊(duì)。伯顏成了忽必烈的宰相，他在忽必烈去世后不久，于1295年去世。
忽必烈生前未能看到反海都之戰(zhàn)的結(jié)束。當(dāng)這位大皇帝于1294年2月18日去世時(shí)，窩闊臺家族的大汗仍然是杭愛山以西的蒙古和中亞的君主。忽必烈的孫子、繼承者鐵穆耳完澤篤（1295－1307年在位）繼續(xù)了這場戰(zhàn)爭。當(dāng)時(shí)海都的主要盟友和屬臣是統(tǒng)治著突厥斯坦的察合臺兀魯思首領(lǐng)都哇。在1297年至1298年期間，都哇發(fā)動突然攻擊，捉住了汪古部勇敢的闊里吉思王子（即喬治，在此可以回顧一下，汪古部人是聶思托里安教教徒），他是鐵穆耳的女婿，正統(tǒng)帥著在元朝的軍隊(duì)。當(dāng)時(shí)都哇企圖襲擊另一支元軍，即由保衛(wèi)著唐兀惕邊境（甘肅西部）的阿難答王子統(tǒng)率的軍隊(duì)。但是，他本人卻意外地遭到襲擊，只得逃跑。為報(bào)此仇，他處死了他的俘虜闊里吉思（1298年）。
1301年，海都作了進(jìn)攻帝國的最后一次努力。這次有窩闊臺系和察合臺系的許多宗王參加。他向哈拉和林進(jìn)軍，和林當(dāng)時(shí)由鐵穆耳皇帝的侄子海山王子鎮(zhèn)守。1301年8月，在和林與鄂爾渾河左岸支流
塔米爾河之間展開一場大戰(zhàn)。結(jié)果海都戰(zhàn)敗，并在撤退中死去。
海都之子察八兒在塔爾巴哈臺的葉密立地區(qū)繼之為窩闊臺兀魯思的首領(lǐng)，扮演著同樣的反皇帝的角色，反對忽必烈家族的帝國權(quán)利。察合臺兀魯思首領(lǐng)都哇最初承認(rèn)察八兒是他的宗主，但是，不久厭倦了這些無休止的反帝國戰(zhàn)爭，他勸說察八兒承認(rèn)鐵穆耳皇帝為宗主。1303年8月，兩位宗王的使者到北京宮廷表示效忠，這是十分重要的一步，它再次把窩闊臺和察合臺的兀魯思置于拖雷家族的藩屬地位而恢復(fù)了蒙古的統(tǒng)一。接著，都哇和察八兒之間發(fā)生爭吵；都哇囚禁了察八兒，逼他交出東、西察合臺汗國（約1306年）。都哇死（約1306－1307年）后，察八兒約于1309年進(jìn)攻都哇之子、繼承者怯伯（Kebek）汗，企圖以此恢復(fù)窩闊臺兀魯思對察合臺兀魯思的霸權(quán)，但是，他被怯伯開打敗，除了逃到中國大汗處避難外，別無選擇。
窩闊臺兀魯思就這樣結(jié)束了。40年（1269－1309年）來，窩闊臺汗國在它的基地塔爾巴哈臺的葉密立河畔統(tǒng)治著中亞，并與大元國的命運(yùn)抗衡。
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